1989年6月3日，中共中央决定清场。当天下午4时，杨尚昆、李鹏、乔石和姚依林等召开军政会议，指令翌日6时前要完成任务，并宣布「如遇阻拦，戒严部队可以采取各种自卫措施和一切手段予以排除」。当晚7时，中央电视台新闻联播播放戒严部队紧急通告，宣布「戒严部队、公安干警和武警部队有权采取一切手段强行处置，一切后果由组织者肇事者负责。」
晚上10时后，天安门与长安街的形势急转直下。军队入城后遭到市民阻挠，军队开枪，其中木墀地是死伤最多的焦点。该处聚集数千人，部分人用碎砖头砸打解队，军队立即一排排冲上大桥，边喊著「人不犯我，我不犯人；人若犯我，我必犯人」的口号，边向投石头的市民开枪。
从这时起，军队时而向天开枪，时而对正人群扫射，有人中弹倒下。民众不断向后退，高喊：「法西斯！流氓政府！杀人犯！」军队用冲锋枪向骂声扫射，约百名学生和市民倒在血泊中，大部分立刻被送往旁边的复兴医院。复兴门外大街两旁的市民从自家窗户上探出头来痛骂，也有人从窗口上往马路上投东西，军队开枪还击，从木墀地到全国总工会约五百米左右的路段，两旁建筑物都被打得火星四溅，其中22号楼、24号楼两幢部长楼有3人在楼上被子弹打死，当中据报包括时任人大法律委员会副主任委员宋汝尊的女婿。
根据BBC现场报道，解放军从卡车上不分目标的向人群射击；在天安门广场的一次扫射中，她自己被尸体绊倒，几码之外被当场射杀的还有两人，重伤倒地不起的两人；之前北京某儿童医院20分钟内送来40多名遭枪击的重伤者，其中包括妇女和老人，不少人是在自己家中中弹，其中有两人已死亡。有说一些死者遗体被戒严部队埋在各处，但说法并未得到证实，但一些有录像却录入解放军直接在长安大江向市民开枪。
广场上的学生虽然知道镇压开始，但以为军人只用橡胶子弹和催泪弹，最多是被军人押走。此时不断有人跑入广场紧急报信，说明军队荷枪实弹扫射示威者，广场陷入惊恐。
零晨1时，天安门以西约四公里的复兴门传出枪声，军队向堵塞他们的群众开枪，最少逾30人死亡，200多人受伤，复兴门外医院接收大量死伤者。1时30分，北京市政府和戒严部队发出《紧急通告》，内容说：
「首都今晚发生了严重的『反革命暴乱。暴徒们猖狂袭击解放军指战员，抢军火，烧军车，设路障，绑架解放军官兵，妄图颠覆中华人民共和国，推翻社会主义制度。人民解放军多日来保持了『高度克制』，现在必须坚决反击反革命暴乱。首都公民要遵守戒严令规定，并同解放军密切配合，坚决捍卫宪法，保卫伟大的社会主义祖国和首都的安全。凡在天安门广场的公民和学生，应立即离开，以保证戒严部队执行任务。凡不听劝告的，将无法保证其安全，一切后果完全由自己负责。」
中国官方资料称，《通告》内容广播后，至零晨2时，几十万人的广场只剩下数千名学生和市民。零晨2时20分，军队开进广场，施放催泪弹，部队从广场南面的前门向中央推进，沿途向高空发射照明弹，群众向天安门广场北面后退。据报中枪者包括徒手阻拦军队的平民以及旁观的民众，也包括现场抢救的医务人员，另外有一队学生（包括北京体育学院学生方政）被军队坦克辗压，至少五人被压死，九人被压伤。
3时左右，约3000名学生围坐在人民英雄纪念碑周围，此时正进行绝食侯德健、刘晓波、周舵、高新决定劝学生离开，并在广播中发言，大意是指北京已在流血，足以唤醒人民，赞扬学生不畏死的精神。刘晓波等人发现有学生之前从军队抢来的枪支，要求立即砸毁枪械，并命令学生必须坚持非暴力原则，否则解放军就会有堂而皇之的理由向学生开枪。
5时20分，一大部分学生已离开，但广场仍有约200名民众不肯散去。侯德健等人直接要求会见军队指挥官，表达愿意由他们出面劝余下的学生离去，希望和平解决事件，军队同意，学生逐以「声音投票」方式，想撤的人喊撤退，想留的人喊留，两把声音旗鼓相当，但考虑到喊撤退的人可能不敢高声呼叫，学生领袖认为想撤退的人更多，宣布离开。
学生撤走时，有人声泪俱下，有人喊出「打倒法西斯」！的口号，戒严部队官兵突然全体高喊：「人不犯我，我不犯人」，并朝天开枪震慑。约5时40分，清场基本结束。
事后，柴玲在逃亡后曾发出一段录音，指广场上有学生被坦克压成肉饼，但这一说法极具争议。侯德健事后说，他留守至5时，但在广场上没有看见这情况，批评如果使用谎言去对抗谎言，只会损害学生的道德力量；柴玲事后则指她是「听说」有这情况。目前较公认的说法是，木墀地是伤亡最重的地方，而在一些主要街道上，军人有向呼喊口号的学生开枪。
舆论的耸动
在6月3日至4日，中央媒体均以不同方法表达对镇压的不满。在6月4日早上6时25分，北京国际广播电台英语广播员李丹当晚这样报道：
这里是北京国际广播电台。请记住1989年6月3日这一天，在中国的首都北京发生了最骇人听闻的悲剧。
成千上万的群众，其中大多是无辜的市民，被强行入城的全副武装的士兵杀害。遇害的同胞也包括我们国际广播电台的工作人员。
士兵驾驶着坦克战车，用机关枪向无数试图阻拦战车的市民和学生扫射。即使在坦克打开通路后，士兵们仍继续不分青红皂白地向街上的人群开枪射击。目击者说有些装甲车甚至辗死那些面对反抗的群众而犹豫不前的步兵。
北京国际电台英语部深深地哀悼在这次悲剧中死难的人们，并且向我们所有的听众呼吁：和我们一起来谴责这种无耻地践踏人权及最野蛮的镇压人民的行径。
鉴于目前北京这种不寻常的形势，我们没有其它新闻可以告诉你们。我们恳请听众谅解，并感谢你们在这最沉痛的时刻收听我们的广播。
英语部的节目负责人是时任中共中央政治局委员、国务委员吴学谦的儿子吴晓镛。事情发生后，吴即被调离、审查，整个英语部工作人员都作了检讨。
6月4日早上，《人民日报》头版刊登亦一则题为「北京这一夜」的消息：
本报6月4日凌晨五时讯，解放军报6月4日社论说：自6月3日凌晨开始，首都发生了严重的「反革命暴乱」。
三日二十二时左右，军事博物馆一带响起枪声，戒严部队进城，从午夜到凌晨，友谊医院、阜外医院、北京市急救中心、铁路医院、复兴医院、协和医院和广安门医院等不断给本报来电话，告知收治人员的伤亡情况。
到截稿为止，戒严部队已突进天安门广场。
《人民日报》该日在新闻选材上亦曲线表达不满，其中国际新闻选用南韩光州事件，以粗黑体写上：「汉城学生绝食示威，抗议当局屠杀镇压」。关于波兰局势的标题为：「警告任何人都不要玩火」，副题为「波领导人指出选举是和解的伟大尝试」。关于中东局势的题目则是：「以军再次入侵黎南部，用飞机坦克对付平民」。而第四版是社会和体育版则分别报道「法官却枉法，诬告反被告，某法院院长被判刑四年半」；「四川一服刑罪犯竟当上人大代表」。一条关于残疾人运动会的报导，标题为：「不能被征服的人」。
此外，6月4日当日负责在新闻联播节目中主持的张宏民、杜宪着一袭黑衣、以沉痛的神态进行播音。此举既不违反播音纪律，也委婉地表达了对学生遇难的哀悼。尽管如此，张宏民仍然与杜宪和薛飞一同领受了一纸停止出镜播音的组织决定。虽然稍后被调离新闻联播栏目组，但张宏民最后被解禁，并继续主播新闻联播节目至今。此后不久，杜宪和薛飞即被调离新闻联播节目组。在中共十三届四中全会后，广播电影电视部一名副部长因「支持动乱」带领中央电视台等部门工作人员示威游行被撤职。
六四事件发生之后二十日，亦即1989年6月24日，中共中央召开十三届四中全会，除了从形式上确认免职赵紫阳、胡启立、芮杏文、閰明复等中央职务，同时增选江泽民、宋平、李瑞环为政治局常委，增埔李瑞环、丁关根为中央书记处书记，选举江泽民为中央委员会总书记。
李鹏同时主导对赵紫阳进行了批判，但是赵紫阳拒绝承认错误，反而提出了详尽的辩护与反驳，为中共高层意见分歧留下明确记录。虽然赵紫阳此后不能再露面，但这次政治遗言仍确立他在民主运动中的地位。 |
